El juego tiene lugar 400 años después de Biomotor Unitron. Kikou Seiki Unitron juega de forma similar a Biomotor Unitron con mazmorras de arriba hacia abajo y combate basado en menús. El juego requiere que el jugador actualice su robot unitron con varias armas y accesorios para competir contra varios enemigos dentro de las áreas de las mazmorras. Usando un cable de enlace, dos jugadores pueden enfrentar a sus unidades en una batalla cara a cara.